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一击必中!试试这个RNA结合蛋白研究新策略

发布日期:2018/7/5 16:05:54      浏览量:

RNA结合蛋白(RNA binding proteinRBP)是细胞中一类重要的蛋白质,RBP通过识别特殊的RNA结合域与RNA互作,广泛参与到RNA的剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中。

许多研究发现,一些RBP的功能异常会导致包括前列腺癌、胃癌及其他癌症的发生和转移、中风后神经发生和功能恢复、肌萎缩侧索硬化(ALS等多种疾病和进展,RBP也是目前研究人员寻找预防与治疗诸多绝症的备受期待的潜在靶点区域,最近再次受到科学家们的极大关注。

RBP种类繁多,但目前仅对部分RBP的功能较为清晰,如AGOHuRAUF1TTPCUGBP2等,其中很多是与ncRNA互作,RBP控制非编码RNA胞内定位、甲基化修饰、miRNA沉默复合体形成、可变剪切等生物学过程。在非编码RNA的研究中,RBP的功能显得极其重要,对于RBP潜在功能筛选,具有重要生物学研究和临床意义。

今天,小编给大家介绍一种快速简单的RBP研究方法~~~

请看新策略和传统方法的比较

 


下面为大家解读一下该新策略吧!

01.如何快速进行RBP功能筛选?

常见的RBP功能筛选研究方法是先通过高通量测序、进行多次基于数据库生物信息学分析逐步筛选目的基因,或基因文献挖掘来寻找已知的RBP编码基因,然后再借助各种繁琐的细胞学实验来研究RBP的功能。这看起来没啥毛病,但过程却是极其煎熬的,有木有?如果有一种更高效快捷且精准的方法,您想不想知道呢~~~

RBP siRNA文库+高内涵分析与筛选

一步轻松搞定RBP功能筛选

近年来,基因文库越来越多地应用于高通量筛选目的基因功能或寻找全新的作用靶点,因为这种方法极其快速高效,可以一网打尽所有感兴趣的靶标或序列,不仅数倍缩短实验周期,单位筛选成本比合成单个或几个基因更低,还可以让科学家腾出大把时间进行后续实验,比如RBPRNA相互作用调控机制研究,或者其作用域/结合位点的研究等。

锐博生物凭借多年RNAi文库经验,自主研发了人类RBP siRNA文库,结合亚洲领先的IN Cell激光共聚焦高内涵分析与筛选平台,只需简单地将RBP siRNA文库序列转染进细胞,随后通过高内涵平台进行高通量RBP功能筛选,从而全面鉴定出与某个生物学过程或通路有关的候选RBP从而指导下游RBPRNA相互作用的研究,由于高内涵文库筛选出的基因功能都更为确定,大大减轻了后续的功能验证实验,让科学家对蛋白质与lncRNA及其他相关RNA分子的研究进程大大加快。

 

锐博生物高内涵成像与分析筛选实验一般流程

对于还不熟悉基因文库的您,我们再进一步介绍一下RBP文库。

genOFFTM RBP siRNA Premix Library

·         RBP文库涵盖1199个重要RBP基因,靶向不同转录本,覆盖面更广

·         采用优化的siCatchTM siRNA设计方法,沉默效率更高,脱靶更低

·         采用96孔板封装,每孔对应一个基因,可做50次筛选(工作浓度50nM

·         一次实验即可分析大批量基因,实现大规模高通量的功能筛选

RBP文库的提供形式:96孔板,每孔可做50次筛选
优化设计,沉默效率更高

激光共聚焦高内涵分析与筛选

锐博生物重磅推出的激光共聚焦高内涵分析与筛选服务(HCA&HCS),利用优秀的成像技术及强大的图像处理技术,从细胞或细胞群体中提取信号数据,进行包含细胞及亚细胞形态结构信息等的多参数量化分析,结合高速成像甚至自动化的成像检测,建立标准化的分析流程分析参数,可实现快速高通量筛选的工作。基于高内涵筛选本身的特性,几乎所有基于荧光成像检测和分析的技术都可直接在高内涵平台上获得更有价值的发现IN Cell激光共聚焦高内涵平台可提供完美细胞影像与精准定量信息,诞生更高价值的数据影像结果。

相比传统的生物学功能与机制研究手段,HCA&HCS在发现新的靶点、功能及机制方面能够:

·         更深入理解复杂的细胞学机理和相互作用

·         非破坏性活细胞功能的多标记/多靶点/多参数分析与筛选

·         高通量快速大规模细胞学分析,从单个细胞至细胞群组

·         实验时间从几天缩短至几个小时或几分钟

·         提出更多细胞学问题,产生更多原创新研究成果

 

当然,如果您的样本量比较大或不考虑细胞成像的质量,还可以选择锐博生物的Acumen eX3平台进行基因功能筛选。如果您第一步就采用高内涵文库筛选策略,文章的档次水平相比传统研究策略已是大幅度提高了!因为基于细胞表型的功能筛选大数据结果往往更佳的可靠性和说服力!

通过RBP siRNA文库+高内涵分析与筛选方法确定目标RBP的细胞表型及基因功能后,RBP是如何发挥作用的呢?与其直接结合的关键RNA靶标有哪些?为了解决上述问题,锐博生物还可提供RIP-Seq/CLIP-Seq 测序服务用于识别RBP靶标及RBPRNA相互作用机制的研究。

02.RBP结合RNA靶标的鉴定

RNA免疫共沉淀测序(RIP-Seq)

·         全转录组覆盖:可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定

·         高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,检测转录组上稀有的蛋白结合位点

·         高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音

紫外交联免疫沉淀结合测序(CLIP-Seq)

·         准确性高:从活细胞交联开始,真实反映体内环境下的分子间相互作用

·         特异性强:紫外辐射不会造成蛋白和蛋白之间的交联,特异性鉴定蛋白和RNA之间的相互作用

·         应用广泛:特别适用于剪接因子RNA结合图谱、miRNA作用靶点等研究

03.RNA分子功能研究

通过RIP-Seq/CLIP-Seq和生物信息分析确定RBP结合的RNA靶标后,RNA分子功能研究也是需要进一步解决的科学问题,从而进一步提高文章的档次水平。锐博生物提供各类RNA分子体外/体内的功能研究解决方案,从细胞实验到动物实验,涵盖领先的miRNAlncRNAcircRNA的设计合成产品,受到广大研究人员的高度认可。

所以,RBP研究不用那么复杂,只需一步,就能轻松搞定RBP功能筛选;只需三步,就能完成一篇RBP研究高质量文章啦!

小伙伴们,您是否已经掌握了上述实验策略?希望今后锐博生物的基因文库工具和高内涵筛选平台能为您提供更多原创性和突破性实验数据。

再悄悄地告诉您一个好消息,为了响应大家的研究热潮,锐博生物RBP文库目前正在火热促销中,欢迎您来电咨询:400-686-0075 或发邮件至marketing@ribobio.com




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