外泌体广泛存在于细胞上清与外周血、尿液、腹水等体液中,可来自各种类型细胞。外泌体的内容物含蛋白质、脂质和核酸等,外泌体的脂膜包裹和保护,使得内容物可以保持其原有稳定性和生物学功能。外泌体RNA特别是非编码RNA,在不同的疾病模型中存在明显的表达差异,有望成为液体活检的重要分子标志物,并揭示疾病发生的机理。利用高通量转录组测序技术可以同时检测其所含RNA分子如lncRNA,mRNA,对外泌体mRNA、lncRNA等的鉴定和调控功能进行研究。
服务优势
1、专利外泌体抽提技术,配合特有微量RNA建库方法,提供lncRNA测序整体服务
2、采用3个外泌体或囊泡数据库,注释信息更完善,为深入挖掘结果提供佐证
3、多种差异表达计算方法,可根据项目情况灵活选择算法,展现更完美的数据
4、全新的比对软件,分析速度更快,结果更准确
5、提供肿瘤研究的临床数据分析,使得分析结果更加饱满。
外泌体研究全面技术路线
高通量测序与分析流程
生物信息学分析项目
测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
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外泌体lncRNA测序 | 数据质量评估及QC 核糖体RNA去除率计算 参考基因组比对与全基因组reads分布图谱 基因表达量整体水平 样品(组)间基因表达差异分析 差异基因KEGG生物通路富集分析 差异基因 Gene Ontology (GO)功能富集分析 转录本表达量整体水平 已知mRNA表达量 已知mRNA表达差异分析 已知ncRNA表达量 已知ncRNA表达量差异分析 哺乳动物已知ncRNA保守性分析 · 近缘物种的保守性分析 · Phylop保守性分析 SNP和InDel检测及注释 样品间相关性分析 样品间主成分分析 时间序列分析(与分析5二选一) 以下限50条序列分析(仅限于人、大鼠、小鼠物种) lncRNA靶基因预测 lncRNA与靶基因互作分析 lncRNA靶基因KEGG生物通路富集分析 lncRNA靶基因Gene Ontology (GO)功能富集分析 | 1、共表达分析(样品>=10) 2、lncRNA Disease注释 3、肿瘤药物注释 3.1 肿瘤耐药基因注释 3.2肿瘤靶向药物注释 4、基因融合分析 5、可变剪切分析(rMATs) 6、lncRNA-miRNA互作分析 7、基因富集分析(GSEA) (每组至少3个生物学重复样品) 8、加权基因共表达网络分析 (WGCNA)(加权基因共 表达网络分析,样品>=10) 9、RNA结合蛋白预测 10、已知lncRNA甲基化注释 11、eRNA分析 12、外泌体特有基因注释 |
常见问题
1.锐博生物提供exosomes中lncRNA测序和分析的同时,是否提供exosomes提取服务,对样品有何要求?
利用自主研发的RiboTM Exosome Isolation Reagent提取试剂盒,锐博可提供人、大小鼠细胞上清、血清、血浆及其他体液的exosomes提取服务,通过大量实验验证,使用RiboTM Exosome Isolation Reagent可高效提取结构和功能完整的exosomes,产物可用于NGS、细胞共培养以及体内注射等后续功能实验。
2.细胞培养状态是否会影响外泌体的测序分析结果?
会,不同培养条件的细胞分泌的外泌体量不同;在细胞凋亡的过程中,会释放大量的凋亡小体和细胞碎片,凋亡小体也是囊泡状结构,在外泌体分离时难以排除凋亡小体,从而影响测序数据。