16S rDNA测序即16S测序,利用高通量测序技术检测特定环境下的微生物(主要是细菌),结合生物信息学分析,提供环境样本物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化等诸多信息。16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体16S rRNA分子对应的DNA序列,由9个高变区(V),中间穿插着保守区组成。对于不同环境样品的DNA,扩增其中16S rDNA中V3-V4区片段,可以区分鉴定绝大多数细菌,是最常用的细菌分类标准。
服务优势
● 超低建库起始量,无偏差覆盖低丰度物种
● 拼接效果好,准确高效鉴定物种
● 自主研发分析方法,轻松实现样品菌群组成、组间差异和系统进化分析
代表性客户文章
- Li N, Yang Z, Liao B, et al. Chronic exposure to ambient particulate matter induces gut microbial dysbiosis in a rat COPD model[J]. Respiratory research, 2020, 21(1): 1-10.
- Wang Y, Wu Y, Wang B, et al. Bacillus amyloliquefaciens SC06 protects mice against high-fat diet-induced obesity and liver injury via regulating host metabolism and gut microbiota[J]. Frontiers in microbiology, 2019, 10: 1161.
- Mai J, Liang B, Xiong Z, et al. Oral administration of recombinant Bacillus subtilis spores expressing Helicobacter pylori neutrophil‐activating protein suppresses peanut allergy via up‐regulation of Tregs[J]. Clinical & Experimental Allergy, 2019, 49(12): 1605-1614.
项目流程
生物信息学分析项目
测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
---|---|---|
16S rDNA测序 | 1、 数据质量评估及QC 2、 序列拼接 3、 去除嵌合体及短序列分析 4、 OTU统计分析及注释 5、 物种丰度统计及群落组成分析 6、 Alpha多样性分析 6.1 Alpha多样性指数分析 6.2 物种多样性稀释曲线 7、 Beta多样性分析 8、 系统进化树分析 9、 Rank-Abundance分析 10、 样品间主坐标分析(PCoA) 样品间主成分分析(PCA) | 1、 样品非加权配对平均法聚类分析(UPGMA) 2、 组间显著性差异分析 3、 RDA/CCA分析 4、 非度量多维尺度分析(NMDS |
常见问题
1. 样品提取DNA质量不佳,是否会影响后续试验?
环境样品尤其是较为极端的样品,DNA的提取难度较高,较常出现轻微降解,盐离子污染,属于正常的现象。可以尝试PCR扩增V3-V4,如扩增成功可以进行后续实验,分析上可能有少许影响。如果是样品收集过程中导致的DNA降解,建议重新制备样品。
2. 16S rDNA测序可鉴定到菌何种分类水平?
由于16S rDNA测序是通过扩增某个或某几个高变区来检测,一般可精确到“属”水平,少数可鉴定到“种”。对于某些菌,高变区中序列的相似度非常高;或者区分不同菌的序列片段不在我们的扩增区域内,均会导致无法鉴定到“种”。
3. 16S rDNA和宏基因组有何区别?
16S rDNA和宏基因组在分析上不少相同之处,如进行物种分类、丰度分析、菌群比较等。不过16S rDNA的功能预测准确度相对较低,只能做到KEGG的第三层级。而宏基因组可以开展基因水平的分析,通过对基因序列进行功能注释,分析不同基因的基因功能、参与的生物通路和抗生素抗性能力等。研究环境微生物,通过结合16S rDNA和宏基因组测序两种技术手段,可以更准确地研究群落组成、多样性、进化关系以及基因功能等。