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16S rDNA测序即16S测序,利用高通量测序技术检测特定环境下的微生物(主要是细菌),结合生物信息学分析,提供环境样本物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化等诸多信息。16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体16S rRNA分子对应的DNA序列,由9个高变区(V),中间穿插着保守区组成。对于不同环境样品的DNA,扩增其中16S rDNA中V3-V4区片段,可以区分鉴定绝大多数细菌,是最常用的细菌分类标准。

服务优势

● 超低建库起始量,无偏差覆盖低丰度物种
● 拼接效果好,准确高效鉴定物种
● 自主研发分析方法,轻松实现样品菌群组成、组间差异和系统进化分析

项目流程

 

生物信息学分析项目

测序类型基本分析高级分析
16S rDNA测序1、 数据质量评估及QC
2、 序列拼接
3、 去除嵌合体及短序列分析
4、 OTU统计分析及注释
5、 物种丰度统计及群落组成分析
6、 Alpha多样性分析
    6.1 Alpha多样性指数分析
    6.2 物种多样性稀释曲线
7、 Beta多样性分析
8、 系统进化树分析
9、 Rank-Abundance分析
10、 样品间主坐标分析(PCoA)
样品间主成分分析(PCA)
1、 样品非加权配对平均法聚类分析(UPGMA)
2、 组间显著性差异分析
3、 RDA/CCA分析
4、 非度量多维尺度分析(NMDS

常见问题

1. 样品提取DNA质量不佳,是否会影响后续试验?

环境样品尤其是较为极端的样品,DNA的提取难度较高,较常出现轻微降解,盐离子污染,属于正常的现象。可以尝试PCR扩增V3-V4,如扩增成功可以进行后续实验,分析上可能有少许影响。如果是样品收集过程中导致的DNA降解,建议重新制备样品。

2. 16S rDNA测序可鉴定到菌何种分类水平?

由于16S rDNA测序是通过扩增某个或某几个高变区来检测,一般可精确到“属”水平,少数可鉴定到“种”。对于某些菌,高变区中序列的相似度非常高;或者区分不同菌的序列片段不在我们的扩增区域内,均会导致无法鉴定到“种”。

3. 16S rDNA和宏基因组有何区别?

16S rDNA和宏基因组在分析上不少相同之处,如进行物种分类、丰度分析、菌群比较等。不过16S rDNA的功能预测准确度相对较低,只能做到KEGG的第三层级。而宏基因组可以开展基因水平的分析,通过对基因序列进行功能注释,分析不同基因的基因功能、参与的生物通路和抗生素抗性能力等。研究环境微生物,通过结合16S rDNA和宏基因组测序两种技术手段,可以更准确地研究群落组成、多样性、进化关系以及基因功能等。

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