环状RNA(circular RNA，circRNA)是近年来发现的一类特殊的非编码RNA，大量存在于真核细胞胞质内，主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生，具有很多重要的调控功能。circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA，ceRNA)结合胞内miRNA，阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外，circRNA也具有调控其它类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性，而且存在组织表达差异，其环状结构对RNase不敏感，所以它比线性RNA更为稳定。越来越多的研究发现，circRNA在开发新型疾病诊断与治疗方法上具有巨大潜力且意义重大。
服务优势
1、去rRNA、去线性RNA针对环状RNA建库，排除了线性RNA干扰
2、有效提高数据可靠性及检测效率，可检测到低丰度的稀有环状RNA
3、针对环状RNA开发出相应的分析方法和算法，深度挖掘环状RNA生物学功能、发现新的环状RNA高级分析下半部分的“去核糖体测序数据分析环状RNA特有分析”应为第4点，下面的为第5点
项目流程
代表性客户文章
- Wang L, Yi J, Lu L, et al. Estrogen-induced circRNA, circPGR, functions as a ceRNA to promote estrogen receptor-positive breast cancer cell growth by regulating cell cycle-related genes[J]. Theranostics, 2021, 11(4): 1732.
- Yao S, Jia X, Wang F, et al. CircRNA ARFGEF1 functions as a ceRNA to promote oncogenic KSHV-encoded viral interferon regulatory factor induction of cell invasion and angiogenesis by upregulating glutaredoxin 3[J]. PLoS pathogens, 2021, 17(2): e1009294.
- Zhu P, Zhu X, Wu J, et al. IL-13 secreted by ILC2s promotes the self-renewal of intestinal stem cells through circular RNA circPan3[J]. Nature immunology, 2019, 20(2): 183-194.
- Zhang S B, Lin S Y, Liu M, et al. CircAnks1a in the spinal cord regulates hypersensitivity in a rodent model of neuropathic pain[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1-16.
- Yu J, Xu Q, W ang Z, et al. Circular RNA cSMARC A5 inhibits gr owth and metastasis in hepat ocellular carcinoma[J]. Journal of hepatology, 2018, 68(6): 1214-1227.
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| lncRNA测序分析circRNA （有参考基因组物种） | 1. 数据质控 2. rRNA Reads过滤 3. 基因组比对 4. 环状RNA鉴定 5. 环状RNA注释 6. 环状RNA序列预测 7. 环化率分析 8. 环状RNA表达值分析 9. 环状RNA样品（组）间表达差异分析 10. 样品间相关性分析 11. 环状RNA亲本基因KEGG生物通路富集分析 12. 环状RNA亲本基因的Gene Ontology （GO）功能富集分析 13. 环状RNA与miRNA互作分析 14. 环状RNA与疾病分析（仅限于人） | 1. 哺乳动物环状RNA保守性分析 1.1 近缘物种的保守性分析 1.2 Phylop保守性分析 2. 环状RNA编码潜能预测 3. 环状RNA可视化 4. 环状RNA与其他RNA分子共表达分析 |
| circRNA测序 （有参考基因组物种） | 1、 数据质控 2、 rRNA Reads过滤 3、 基因组比对 4、 环状RNA鉴定 5、 环状RNA注释 6、 环状RNA序列预测 7、 环状RNA表达值分析 8、 环状RNA样品（组）间表达差异分析 9、 样品间相关性分析 10、 环状RNA亲本基因KEGG生物通路富集分析 11、 环状RNA亲本基因的 Gene Ontology （GO）功能富集分析 12、 环状RNA与miRNA互作分析 13、 环状RNA与疾病分析（仅限于人） | 1、 哺乳动物环状RNA保守性分析 1.1 近缘物种的保守性分析 1.2 Phylop保守性分析 2、 环状RNA编码潜能预测 3、 环状RNA可视化 去核糖体测序数据分析环状RNA特有分析 4、 外泌体circRNA数据库注释 |
常见问题
1. 锐博生物是否提供环状RNA富集服务？是否有物种限制？
锐博生物采用专利技术，可针对人、小鼠、大鼠进行成熟的环状RNA提取与检测分析，可接收样本类型涵盖组织、细胞及RNA样品。其他物种的环状RNA提取服务，请咨询当地销售人员。
2. 如果需要锐博协助提取环状RNA，应该提供组织、细胞还是RNA样品？
针对组织，细胞或者RNA样品，我们都拥有成熟的技术进行环状RNA提取，客户可根据自身需求提供以上任意样品类型。
因为环状RNA提取对总RNA起始量要求较大，为了提高成功率和减少客户工作量，提取前，锐博需要对源自于组织或细胞提取的总RNA进行检测，质控合格的样本方可进行后续环状RNA分析。
3.建库测序对circRNA的量是否有最低要求？
我们只要求total RNA总量在3ug以上，对浓度和体积没有要求。如客户样品体积过大，浓度较低，锐博可提供样品浓缩服务，以便进行后续建库测序。
