在真核生物中,RNA结合蛋白(RNA Binding Protein,RBP)种类繁多,在RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中起着重要作用,因此了解RBP蛋白的功能对解开人类疾病有着重大意义。
CLIP-Seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。
近年来,该技术广泛应用于miRNA靶标鉴定等研究方向。在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC),结合于靶mRNA的3’UTR区,阻止所结合的mRNA的翻译或直接降解靶mRNA。通过CLIP-Seq技术在全基因组范围内鉴定RISC中AGO2蛋白与RNA的结合位点,能够明显地降低miRNA结合位点预测的假阳性,并缩小miRNA结合位点搜寻空间的范围。
服务优势
● 准确性高:从活细胞交联开始,真实反应体内环境下分子间相互作用
● 特异性强:紫外辐射不会造成蛋白和蛋白之间的交联,特异性鉴定蛋白和RNA之间的相互作用
● 应用广泛:特别适用于剪接因子RNA结合图谱、miRNA作用靶点等研究
项目流程
生物信息学分析项目
测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
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CLIP测序 (有参考基因组) | 1、 数据质量评估及QC 2、 rRNA Reads过滤 3、 参考基因组比对分析 4、 唯一比对reads的分布统计 5、 数据的可视化 6、 结合峰检测 7、 结合峰注释及统计 8、 基因表达分析 9、 结合峰的motif检测 10、 共有及特有peak分析 11、 差异结合峰检测 12、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析(仅限于模式物种) 13、 差异Peak相关基因GO富集分析(仅限于模式物种) | 1、 基因表达差异分析 2、 与其他测序数据关联分析 |
常见问题
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么区别?
它们都是检测RNA与RNA结合蛋白相互作用的技术。CLIP与RIP的关键差异在于紫外交联和沉淀复合物后的凝胶纯化步骤。CLIP技术可以给RNA-蛋白复合物的RNA末端带上放射性或非放射性标记,并将这些复合物进SDS-PAGE分离,这样增加了特异性,并提高了cDNA文库质量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪种测序方式?
CLIP-Seq测序一般采用SE50的测序模式,因为CLIP得到的RNA片段长度一般较小。而RIP得到的RNA片段则相对偏长,则可以根据实际质检长度和研究目的选择SE50或PE150测序模式。简而言之,测序策略的选取主要取决于IP后RNA的长度。