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在真核生物中,RNA结合蛋白(RNA Binding Protein,RBP)种类繁多,在RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中起着重要作用,因此了解RBP蛋白的功能对解开人类疾病有着重大意义。
CLIP-Seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

近年来,该技术广泛应用于miRNA靶标鉴定等研究方向。在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC),结合于靶mRNA的3’UTR区,阻止所结合的mRNA的翻译或直接降解靶mRNA。通过CLIP-Seq技术在全基因组范围内鉴定RISC中AGO2蛋白与RNA的结合位点,能够明显地降低miRNA结合位点预测的假阳性,并缩小miRNA结合位点搜寻空间的范围。

服务优势

● 准确性高:从活细胞交联开始,真实反应体内环境下分子间相互作用
● 特异性强:紫外辐射不会造成蛋白和蛋白之间的交联,特异性鉴定蛋白和RNA之间的相互作用
● 应用广泛:特别适用于剪接因子RNA结合图谱、miRNA作用靶点等研究

项目流程

生物信息学分析项目

测序类型基本分析高级分析
CLIP测序
(有参考基因组)
1、 数据质量评估及QC
2、 rRNA Reads过滤
3、 参考基因组比对分析
4、 唯一比对reads的分布统计
5、 数据的可视化
6、 结合峰检测
7、 结合峰注释及统计
8、 基因表达分析
9、 结合峰的motif检测
10、 共有及特有peak分析
11、 差异结合峰检测
12、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析(仅限于模式物种)
13、 差异Peak相关基因GO富集分析(仅限于模式物种)
1、 基因表达差异分析
2、 与其他测序数据关联分析

常见问题

1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么区别?

它们都是检测RNA与RNA结合蛋白相互作用的技术。CLIP与RIP的关键差异在于紫外交联和沉淀复合物后的凝胶纯化步骤。CLIP技术可以给RNA-蛋白复合物的RNA末端带上放射性或非放射性标记,并将这些复合物进SDS-PAGE分离,这样增加了特异性,并提高了cDNA文库质量。

2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪种测序方式?

CLIP-Seq测序一般采用SE50的测序模式,因为CLIP得到的RNA片段长度一般较小。而RIP得到的RNA片段则相对偏长,则可以根据实际质检长度和研究目的选择SE50或PE150测序模式。简而言之,测序策略的选取主要取决于IP后RNA的长度。

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