真核生物中染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物，研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用，对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。作为研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)广泛应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq，是继ChIP-chip之后，蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。
ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀，分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段，对其进行纯化和文库构建，再通过高通量测序的方法，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，从而获得全基因组范围内与组蛋白或转录因子等互作的DNA片段信息。
服务优势
- 超低量建库：ng级别成功建库、经验丰富，测序客户多次发表高分文章
- 全基因组覆盖：可在全基因组范围内对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
- 有效分析：组蛋白/转录因子不同分析方案，准确区分真实结合峰和背景噪音
代表性客户文章
- Lai Y, Cao X, Chen J, et al. Coordinated regulation of infection-related morphogenesis by the KMT2-Cre1-Hyd4 regulatory pathway to facilitate fungal infection[J]. Science advances, 2020, 6(13): eaaz1659.
- Zhuang Q , Li W , Benda C , et al. NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming[J]. Nature Cell Biology, 2018, 20(4):25.
- Han X, Yu H, Huang D, et al. A molecular roadmap for induced multi-lineage trans-differentiation of fibroblasts by chemical combinations[J]. Cell research, 2017, 27(3): 386.
项目流程
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| ChIP-seq测序（有参考基因组） | 1、 数据质量评估及QC 2、 参考基因组比对分析 3、 IP质评 4、 数据的可视化 5、 结合峰检测 6、 结合峰（Peak）注释 7、 结合峰motif检测 8、 差异Peak分析 9、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析 10、 差异Peak相关基因GO功能富集分析 | 1、 生物学重复性样品的重现性分析 2、 与其他测序数据关联分析 |
常见问题
1. ChIP-Seq的应用范围有哪些？
ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：
1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
2）检测RNA polymerase II或其它转录因子在基因组上结合位点的精确定位；
3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系。
2. ChIP-Seq对样品有什么要求？
ChIP-Seq测序需提供≥10ng的ChIP富集后的DNA样品，要求无蛋白质、RNA及肉眼可见污染；DNA片段大小分布在100~500bp范围，主峰明显，且在200bp左右。。请提供DNA打断后的检测电泳图以确定DNA片段大小是否符合要求，并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的qPCR验证结果。
3. 样品制备过程中是否需要PCR扩增？PCR扩增后是否会影响最终结果？
ChIP得到的DNA样品量通常非常少，为了获得足够上机反应的DNA量，在文库制备过程中一般需要经过一步PCR扩增。如果客户提供的DNA样品量充足，可减少PCR循环数或不进行PCR扩增。PCR扩增有可能带来测序和分析结果偏向性。
