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真核生物中染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物,研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用,对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。作为研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)广泛应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是继ChIP-chip之后,蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。

ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白或转录因子等互作的DNA片段信息。

服务优势

● 提供从前期ChIP实验,到高通量测序、生物信息分析的整体ChIP-Seq服务
● 涵盖20多种组蛋白修饰方式
● 采用高灵敏度和高特异性的抗体,高效富集DNA片段

参考文献

[1] Zhuang Q, Li W, Benda C, et al. NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming[J]. Nature cell biology, 2018, 20(4): 400. (IF:17.728 锐博服务:ChIP-Seq 研究领域:体细胞重编程 中国科学院广州生物医药与健康研究院)
[2] Han X, Yu H, Huang D, et al. A molecular roadmap for induced multi-lineage trans-differentiation of fibroblasts by chemical combinations[J]. Cell research, 2017, 27(3): 386. (IF:17.848 锐博服务:ChIP-Seq 研究领域:细胞重编程 浙江大学医学院)
[3] Lu X, Zhu X, Li Y, et al. Multiple P-TEFbs cooperatively regulate the release of promoter-proximally paused RNA polymerase II[J]. Nucleic acids research, 2016, 44(14): 6853-6867. (IF:11.147 锐博服务:ChIP-Seq 研究领域:转录调控 厦门大学)

项目流程

生物信息学分析项目

测序类型基本分析高级分析
ChIP-seq测序(有参考基因组)1、 数据质量评估及QC
2、 参考基因组比对分析
3、 IP质评
4、 数据的可视化
5、 结合峰检测
6、 结合峰(Peak)注释
7、 结合峰motif检测
8、 差异Peak分析
9、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析
10、 差异Peak相关基因GO功能富集分析
1、 生物学重复性样品的重现性分析
2、 与其他测序数据关联分析

常见问题

1. ChIP-Seq的应用范围有哪些?

ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果,为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源,研究者可以在以下几方面展开研究:
1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
2)检测RNA polymerase II或其它转录因子在基因组上结合位点的精确定位;
3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系。

2. ChIP-Seq对样品有什么要求?

ChIP-Seq测序需提供≥10ng的ChIP富集后的DNA样品,要求无蛋白质、RNA及肉眼可见污染;DNA片段大小分布在100~500bp范围,主峰明显,且在200bp左右。。请提供DNA打断后的检测电泳图以确定DNA片段大小是否符合要求,并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的qPCR验证结果。

3. 样品制备过程中是否需要PCR扩增?PCR扩增后是否会影响最终结果?

ChIP得到的DNA样品量通常非常少,为了获得足够上机反应的DNA量,在文库制备过程中一般需要经过一步PCR扩增。如果客户提供的DNA样品量充足,可减少PCR循环数或不进行PCR扩增。PCR扩增有可能带来测序和分析结果偏向性。

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