长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)是一类长度在200nt以上，不编码蛋白的RNA分子。起初lncRNA被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。最近几年的研究表明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调节以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等，因此lncRNA是一片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。通过rRNA去除的方法，富集lncRNA和mRNA建库测序，可分析lncRNA和mRNA的表达情况，并发现大量新的lncRNA。
结合在lncRNA研究领域多年的经验，根据提取方式、建库难度和类型不同，锐博生物提供多种lncRNA测序服务：
● 组织、细胞lncRNA测序
● 外泌体（Exosomes）lncRNA测序
服务优势
● 专利外泌体抽提技术，配合特有微量RNA建库方法，提供外泌体lncRNA测序整体服务
● 优化数据分析方法和算法，数据利用率高，可进行lncRNA二级结构预测、mRNA/lncRNA共表达网络分析
● 自主研发的lncRNA系列产品，提供下游功能验证服务
代表性客户文章
- Li M, Xie Z, Cai Z, et al. lncRNA-mRNA expression profiles and functional networks of mesenchymal stromal cells involved in monocyte regulation[J]. Stem cell research & therapy, 2019, 10(1): 1-14.
- Bian Z, Zhang J, Li M, et al. LncRNA–FEZF1-AS1 promotes tumor proliferation and metastasis in color ectal Cancer by regulating PKM2 signaling[J]. Clinical Cancer Research, 2018, 24(19): 4808-4819.
- Huang Z, Du G, Huang X, et al.The enhancer RNA lnc-SLC4A1-1 epigenetically regulates unexplained recurrent pregnancy loss (URPL) by activating CXCL8 and NF-kB pathway[J]. EBioMedicine, 2018, 38: 162-170.
项目流程
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| lncRNA测序 | 1、 数据质量评估及QC 2、 核糖体RNA去除率计算 3、 参考基因组比对与全基因组reads分布图谱 4、 基因表达量整体水平 5、 样品（组）间基因表达差异分析 6、 差异基因KEGG生物通路富集分析 7、 差异基因Gene Ontology（GO）功能富集分析 8、 转录本表达量整体水平 9、 已知mRNA表达量 10、 已知mRNA表达差异分析 11、 已知ncRNA表达量 12、 已知ncRNA表达差异分析 13、 哺乳动物已知ncRNA保守性分析 13.1 近缘物种的保守性分析 13.2 Phylop保守性分析 14、 新lncRNA预测 15、 新lncRNA表达量计算 16、 新lncRNA表达差异分析 17、 新lncRNA家族分析 18、 SNP和InDel检测及注释 19、 样品间相关性分析 20、 样品间主成分分析 21、 时间序列分析（与分析5二选一） 以下限50条序列分析（仅限于人、大鼠、小鼠物种） 22、 lncRNA靶基因预测 23、 lncRNA与靶基因互作分析 24、 lncRNA靶基因KEGG生物通路富集分析 25、 lncRNA靶基因Gene Ontology （GO）功能富集分析 26、 蛋白互作分析 | 1、 共表达分析（样品>=10） 2、 lncRNA Disease注释 3、 肿瘤药物注释 3.1 肿瘤耐药基因注释 3.2肿瘤靶向药物注释 4、 新lncRNA二级结构预测 5、 基因融合分析 6、 基因结构优化 6.1 已知基因结构注释优化 6.2 新基因注释 7、 可变剪切分析（rMATs） 8、 lncRNA-miRNA互作分析 9、 基因富集分析（GSEA）（每组至少3个生物学重复样品） 10、 加权基因共表达网络分析（WGCNA）（样品>=10） 11、 基因亚细胞定位注释 12、 RNA结合蛋白预测 13、 组织特异性分析（基于数据库挖掘，仅限于人） 14、 组织特异性分析（多组织测序数据，不限物种） 15、 肿瘤样品纯度分析 16、 已知lncRNA甲基化注释 17、 eRNA分析 |
常见问题
1. 锐博生物如何收集lncRNA？
我们采用Epicentre Ribo-Zero rRNA Removal 试剂盒处理总RNA去除rRNA的方法，收集99%以上的lncRNA，多次实验证明，采用此方法得到的测序reads在转录本上分布均一，无3’和5’偏向性，是得到高质量数据的有效保障。
2. 锐博生物提供exosomes中lncRNA测序和分析的同时，是否提供exosomes提取服务。对样品有何要求？
利用自主研发的RiboTM Exosome Isolation Reagent提取试剂盒，锐博可提供人、大小鼠细胞上清、血清、血浆及其他体液的exosomes提取服务，通过大量实验验证，使用RiboTM Exosome Isolation Reagent可高效提取结构和功能完整的exosomes，产物可用于NGS、细胞共培养以及体内注射等后续功能实验。
3. 锐博生物能否对lncRNA测序分析得到的结果提供验证服务？
锐博生物能够提供lncRNA研究的一站式服务，涵盖从上游目标发现到下游功能研究的产品和服务。基于我们在核酸研究领域多年的经验积累，锐博能够提供lncRNA测序分析后全面的下游服务，包括qPCR检测服务、功能验证等。同时，我们研发的lncRNA Smart Silencer等产品也广泛应用于lncRNA的进一步功能研究。
