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MeRIP-Seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing)结合RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术,可实现全转录组水平上RNA甲基化分析。由于甲基化修饰约占所有RNA修饰的60% 以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A),作为最常见的一种转录后修饰,介导了超过80%的RNA甲基化。基于MeRIP-Seq分析RNA甲基化模式,加速了癌症发生和转移、胚胎发育、脂类代谢、环状RNA翻译和DNA损伤修复等生物学功能和作用机制的研究。锐博生物利用单克隆抗体抓取存在m6A修饰的RNA片段,结合高通量测序,实现转录组学范围内的m6A peak检测与motif分析。

客户采用锐博生物的MeRIP/m6A-seq整体技术服务

现已顺利在国际知名期刊 Nature Communications 和 Molecular Cancer 发表了高分文章

[1] Wang H, Hu X, Huang M, et al. Mettl3-mediated mRNA m 6 A methylation promotes dendritic cell activation[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1898. (影响因子:11.87)

[2] Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m 6 A-IGF2BP2-dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 112. (影响因子:10.679)

服务优势

● 平台完整: MeRIP实验—建库测序分析—MeRIP qPCR验证,真正一站式服务
● 高成功率:成功开展超过1000例样本,支持低至ng级别RNA建库
● 灵活选择:建库方式和文库片段大小可选
● 重复性好:丰富的项目经验确保实验重复性,已进行多样本间的比较分析

实验流程与项目流程

生物信息学分析项目

测序类型基本分析高级分析
MeRIP测序1、 碱基识别及质控
2、 rRNA reads过滤
3、 参考基因组比对分析
4、 唯一比对reads分布统计
5、 样品间相关性分析
6、 数据可视化
7、 结合峰检测及统计
8、 结合峰注释及统计
9、 结合峰的motif检测及注释
10、 共有及特有peak分析
11、 差异结合峰检测
12、 差异结合峰相关基因GO功能富集分析
13、 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
14、 基因表达分析
15、 基因表达差异分析
16、 差异表达基因GO功能富集分析
17、 差异表达基因KEGG生物通路富集分析
18、 Peak富集度与转录本表达相关性分析
1、 m6A位点的预测(仅限于人,小鼠)
2、 m6A修饰与疾病相关性注释(仅限于人)

代表性参考文献

1. Fu, Y., Dan, D., Rechavi, G., & He, C*. “Gene expression regulation mediated through reversible m6A RNA methylation.” Nature Reviews Genetics 15.5 (2014):293-306.
2. Roundtree, I. A., Evans, M. E., Pan, T., & He, C*. “Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regulation.” Cell 169.7 (2017):1187

常见问题

1. 开展MeRIP-seq是否有物种限制?

有参考基因组,且基因组拼接至染色体水平,gtf注释文件较完整物种都可以开展。真核、原核或病毒在结合峰检测涉及的软件和参数存在差别,原核或病毒项目建议先评估。

2. 为什么MeRIP项目需要同时测Input和IP样本?

MeRIP项目中Input和IP组成一对样品。实验环节IP样品用m6A抗体特异性富集甲基化修饰的RNA片段,而Input仅仅是片段化的RNA则作为对照消减背景噪音,在建库、测序平行开展。结合峰检测分析需整合两个样本的数据,并利用Input数据排除本底表达水平高或非特异性结合的peaks,以提高calling peak的准确性。

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