宏基因组测序，是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为微生物的研究提供了有效工具。
服务优势
● 检测精度高，可检测单个碱基差异；信息更全面，对高低丰度的物种基因都能发现
● 通量高，周期快，单次测序针对样本中所有物种
● 提供全面的抗生素因子分析，可根据客户需求提供定制化分析
项目流程
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| 宏基因组测序 | 1、 数据质量评估及QC 2、 去除宿主序列 3、 基因组组装 4、 基因预测 5、 样品间非冗余基因分析 6、 非冗余基因集丰度计算 7、 基因功能注释 7.1 KEGG生物通路富集分析 7.2 碳水化合物活性酶（CAZyme）注释 7.3 抗生素抗性基因（ARDB）注释 7.4 eggNOG功能注释 8、 物种组成分析 8.1 物种注释及丰度统计 8.2 Rank-Abundance曲线分析 8.3 Specaccum物种累积曲线分析 8.4 多样品物种丰度聚类图 9、 Beta多样性分析 9.1 样品间距离计算 9.2 样品间UPGMA聚类分析 9.3 样品间主成份分析（PCA分析，>=10个样品） 9.4 样品间主坐标分析（PCoA分析，>=10个样品） 9.5 非度量多维尺度分析（NMDS） | 1、 单样本多级物种组成图 2、 ANOSIM组间相似性分析 3、 MRPP组间相似性分析 4、 物种轶和检验差异分析 5、 RDA/CCA相关分析 6、 物种LEfSe差异分析 7、 STAMP差异分析 7.1 两组样本Welch’s t-test分析 7.2 两个样本Fisher’s exact test分析 7.3 多组样本ANOVA |
常见问题
1. 宏基因组测序的样品制备有什么要求？
宏基因组测序需提供样品量≥3g、样品浓度≥30ng/μl的DNA样品，无蛋白质、RNA或肉眼可见污染。需提供凝胶电泳图，要求凝胶电泳图显示主带明显可辨。
2. 相比于单个个体的研究，宏基因组测序有哪些优势？
微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中，它们的很多特性是基于整个群落环境及个体间的相互影响的，因此宏基因组研究比做单个个体的研究更能发现其特性；宏基因组研究无需分离单个细菌，适用于研究那些不能被实验室分离培养的微生物。
3. 16S rDNA测序和宏基因组de novo测序有什么不同？
16S rDNA测序是针对细菌核糖体小亚基的特定高变区进行PCR扩增，反映物种的进化关系及群落多样性。宏基因组de novo测序测定整个环境中所有微生物的基因组，不仅可以反映物种进化关系及群落多样性，还可以分析物种组成、功能注释等，相比16S rDNA可分析的层面更广泛更全面，成本也较高。
