Small RNA（小RNA）主要包含miRNA、piRNA、snoRNA、tsRNA等RNA分子。小RNA参与基因表达与调控、RNA的加工与剪切、蛋白质翻译、遗传“入侵”抑制、配子发生等重要生物学过程，是生命活动中不可少的调控因子。微小RNA(microRNA，简称miRNA)是小RNA中最主要部分，可通过识别靶mRNA实现转录后的基因调控。研究表明，包括癌症、心血管疾病、免疫系统疾病在内的多种疾病与miRNA的调控作用密切相关。近年来，由于小RNA测序技术的应用，越来越多的miRNA被发现和进行功能鉴定,并广泛应用于疾病诊断、个性化治疗和预后等领域。
结合在Small RNA研究领域多年的经验，根据提取方式、建库难度和类型不同，锐博生物提供多种Small RNA测序服务：
● 组织、细胞Small RNA测序
● 外泌体(exosomes) Small RNA测序
服务优势
- 可检测单个碱基差异，精准区分相同家族或序列相似度极高的miRNA
- 自主研发的数据分析方法和算法，可鉴定已知miRNA，也可以预测新的miRNA
- 延展non-miRNA的多类small RNA分析，实现数据的最大化利用
项目流程
代表性客户文章
- Qiu Y, Xu Y P, Wang M, et al. Flavivirus induces and antagonizes antiviral RNA interference in both mammals and mosquitoes[J]. Science advances, 2020, 6(6): eaax7989.
- Xu Y P, Qiu Y, Zhang B, et al. Zika virus infection induces RNAi-mediated antiviral immunity in human neural progenitors and brain organoids[J]. Cell research, 2019, 29(4): 265-273.
- Xia R, Chen C, Pokhrel S, et al. 24-nt reproductive phasiRNAs are broadly present in angiosperms[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1-8.
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| 小RNA测序 | 1、 数据质量评估及QC 2、 序列比对 3、 全基因组Reads分布图谱 4、 ncRNA分类与注释 5、 已知miRNA分析 5.1 已知miRNA表达量 5.2 已知miRNA整体表达量分析 5.3 已知miRNA长度分析 5.4 已知miRNA碱基偏好性分析 6、 基因组重复区域注释 7、 功能元件注释 8、 新miRNA预测 9、 共有及特有序列分析 10、 样品间miRNA表达差异分析 11、 miRNA家族分析（仅限于模式物种） 12、 miRNA保守性分析（仅限于模式物种） 13、 miRNA碱基编辑分析 14、 样品间相关性分析 15、 样品间主成份分析 16、 差异表达miRNA靶基因预测（已知miRNA，仅限于人/大鼠/小鼠三个物种） 16.1 miRNA基本信息 16.2 靶基因预测方法介绍 16.3 靶基因预测结果 16.4 候选靶基因 17、 差异表达miRNA靶基因的KEGG通路富集分析 18、 差异表达miRNA靶基因的GO功能富集分析 | 1、 miRNA靶基因预测（非模式物种或新miRNA） 2、 新miRNA差异表达分析 3、 miRNA疾病数据库注释（仅限于人） 4、 miRNA组织特异性表达（基于数据库挖掘，仅限于人） 5、 miRNA组织特异性表达（多组织测序结果，不限物种） piRNA分析（仅限于人/大鼠/小鼠/果蝇四个物种） 1、 已知piRNA分析表达量 2、 已知piRNA长度分析 3、 已知piRNA碱基偏好性分析 4、 已知piRNA整体表达量分析 5、 piRNA差异分析 6、 piRNA表达聚类分析 7、 piRNA靶基因预测 8、 piRNA靶基因的KEGG通路富集分析 9、 piRNA靶基因的GO功能富集分析 tsRNA分析 1、 tsRNA来源分析 2、 tsRNA表达量分析 3、 ts差异分析 4、 tsRNA表达聚类分析 |
常见问题
1.没有参考基因组的物种，或miRBase没有参考物种的miRNA序列，可以做small RNA测序吗？
无参考基因组的物种可以先做无参转录组拼接转录本，以转录本作为参考序列用于small RNA测序分析，或用近缘物种的基因组作为参考；miRBase没有收录待研究物种的miRNA序列，可用近缘物种的miRNA序列进行注释。
2. 锐博生物能否对Small RNA测序分析得到的结果提供验证服务？
锐博生物能够提供miRNA的一站式服务，涵盖从上游验证到下游功能研究服务。其中包括qPCR检测服务、靶基因验证服务以及各类miRNA mimic、inhibitor、agomir、antagomir产品。
3. 测序得到的miRNA数据只会使用miRBase数据库进行比对吗？
miRBase是最常用的miRNA数据库，它提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是miRNA研究权威数据依据之一。除miRBase数据库之外，锐博生物还会利用其他30多个关于动植物、微生物和人类的miRNA数据库进行miRNA的验证，结构预测和靶基因预测等数据分析。
4. miRNA高通量测序需要预先提供序列信息吗？
无需提供序列信息。miRNA高通量测序分析可适用于有参考基因组和无参考基因组物种。对于有参物种，建议客户提供参考基因组，可进行已知miRNA表达量及差异表达分析和候选新miRNA的预测分析；对于无参考基因组物种，可基于同源序列比对得到miRNA，无法进行新miRNA预测。
