在真核生物中，RNA结合蛋白(RNA Binding Protein，RBP)种类繁多，在RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中起着重要作用，因此了解RBP蛋白的功能对解开人类疾病有着重大意义。RNA Immunoprecipitation(RIP)作为研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。利用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析，利用该技术有望发现多种RNA的调节靶点。
服务优势
● 全转录组覆盖：可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
● 高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，检测转录本上更多的蛋白结合位点
● 高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音
参考文献
[1] Wan L, Yu W, Shen E, et al. SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer[J]. Gut, 2019, 68(1): 118-129. （IF：17.943 锐博服务：RIP-Seq 研究领域：结直肠癌 浙江大学）
项目流程
生物信息学分析项目
| 测序类型 | 基本分析 | 高级分析 |
|---|---|---|
| RIP-seq测序 （有参考基因组） | 1、 数据质量评估及QC 2、 rRNA Reads过滤 3、 参考基因组比对分析 4、 唯一比对reads的分布统计 5、 数据的可视化 6、 结合峰检测 7、 结合峰注释及统计 8、 基因表达分析 9、 结合峰的motif检测 10、 共有及特有peak分析 11、 差异结合峰检测 12、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析（仅限于模式物种） 13、 差异Peak相关基因GO富集分析（仅限于模式物种） | 1、 基因表达差异分析 2、与其他测序数据关联分析 |
常见问题
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么区别？
它们都是检测RNA与RNA结合蛋白相互作用的技术。CLIP与RIP的关键差异在于紫外交联和沉淀复合物后的凝胶纯化步骤。CLIP技术可以给RNA-蛋白复合物的RNA末端带上放射性或非放射性标记，并将这些复合物进SDS-PAGE分离，增加了特异性，并提高了cDNA文库质量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪种测序方式？
CLIP-Seq测序一般采用SE50的测序模式，因为CLIP得到的RNA片段长度一般较小。而RIP得到的RNA片段则相对偏长，则可以根据实际质检长度和研究目的选择SE50或PE150测序模式。简而言之，测序策略的选取主要取决于IP后RNA的长度。
