Biophysical characterisation of human LincRNA-p21 sense and antisense Alu inverted repeats
人LincRNA-p21正义义和反义Alu反向重复序列的生物物理表征
发表期刊：Nucleic Acids Res
影响因子：16.971
发表时间：2022年5月25日
人类基因间长链非编码RNA-p21（LincRNA-p21）是一种调节性非编码RNA，在促进细胞凋亡中起重要作用。LincRNA-p21通过与p53抑制复合物的相互作用，在下调许多p53靶基因方面也起着关键作用。LincRNA-p21和抑制复合物之间的相互作用可能依赖于RNA三级结构。之前的研究已经使用SHAPE确定了人LincRNA-p21 AluSx1 IRs正义和反义的二维二级结构。然而，对其三维结构却没有深入的了解。因此，本研究在体外转录了LincRNA-p21 AluSx1反向重复序列（IRs）的正义和反义区域，并进行了分析超速离心、尺寸排阻色谱、光散射和小角X射线散射（SAXS）研究。基于这些研究，研究人员确定了正义和反义LincRNA-p21的低分辨率三维结构。通过调整之前已知的二维信息，研究人员计算了它们的正义和反义高分辨率模型，并确定它们与使用SAXS确定的低分辨率结构一致。因此，本研究的综合方法提供了对LincRNA-p21 Alu IRs结构的深入了解。本研究还提供了一条可行的管道，用于将二级结构信息与生物物理和计算研究相结合，以获得长链非编码RNA的高分辨率原子模型。
Fig1. Alu晶体片段与高分辨率LincRNA-p21正义和反义模型的重叠覆盖
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35639511/
Long Non-Coding RNA and RNA-Binding Protein Interactions in Cancer: Experimental and Machine Learning Approaches
长链非编码RNA和RNA结合蛋白在癌症中的相互作用：实验和机器学习方法
发表期刊：Semin Cancer Biol
影响因子：15.707
发表时间：2022年5月25日
了解组成基因组大部分的非编码RNAs（ncRNAs）所扮演的复杂和特定的作用，对于理解癌症的几乎每一个特征都很重要。这一大类分子在各种细胞过程的关键调节机制中发挥着关键作用。长链非编码RNA（lncRNA）和RNA结合蛋白（RBP）相互作用介导的调控机制在几种类型的癌症中得到了充分证明。它们的作用是通过影响lncRNA和RBP稳定性的网络、lncRNA代谢（包括m6A和可变剪接）、亚细胞定位以及许多其他与癌症相关的机制来实现的。本文讨论了lncRNAs和RBPs之间的相互作用，以及它们通过组蛋白修饰参与表观遗传调控，以及它们在抗癌治疗耐药性中的关键作用。RBPs的其他方面，包括它们的结构域，提供了关于lncRNAs和RBPs如何相互作用和发挥其生物学功能的更深入的知识。此外，在机器和深度学习方法的推动下，当前先进的知识更详细地揭示了这种相互作用，以进一步增强我们对该领域的理解，并讨论了利用基于RNA的疗法作为癌症的替代治疗模式的潜力。
Fig2. 癌症中靶向LPIs（lncRNA-蛋白相互作用）的治疗策略
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35643221/
A lncRNA signature associated with tumor immune heterogeneity predicts distant metastasis in locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma
一个与肿瘤免疫异质性相关的lncRNA标记可预测局部晚期鼻咽癌的远处转移
发表期刊：Nat Commun
影响因子：14.919
发表时间：2022年5月30日
越来越多的证据揭示了长链非编码RNAs（lncRNAs）作为肿瘤生物标志物的作用。本研究报道了一种免疫相关的9-lncRNA标记，用于预测局部晚期鼻咽癌（LA-NPC）的远处转移。通过微阵列分析鉴定9个lncRNAs，然后在训练队列中使用机器学习方法进行RT-qPCR验证和选择（n=177）。这种9-lncRNA标记将患者分为高风险和低风险组，它们远处转移的无病生存期存在显著差异。广州内部（n=177）和桂林外部（n=150）队列的验证产生了相似的结果，证实该标记是远处转移的独立风险因素，并且在鉴定具有高转移风险的患者方面优于基于解剖学的指标。综合分析表明，该9-lncRNA标记与免疫活性和淋巴细胞浸润相关，这已通过数字病理学得到验证。本研究结果表明，免疫相关的9-lncRNA标记可以作为LA-NPC转移预测的一个有前景的生物标志物。
Fig3. 9-lncRNA标记和临床指标用于转移预测的性能
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35637194/
The long noncoding RNA ADIPINT regulates human adipocyte metabolism via pyruvate carboxylase
长链非编码RNA ADIPINT通过丙酮酸羧化酶调节人类脂肪细胞代谢
发表期刊：Nat Commun
影响因子：14.919
发表时间：2022年5月26日
长链非编码RNAs的多效性功能已被广泛认识，但它们在调控代谢稳态中的直接作用尚不清楚。本研究描述了一种人类脂肪细胞特异性lncRNA ADIPINT，其调节丙酮酸羧化酶，一种能量代谢中的关键酶。研究人员开发了一种方法，使用正交有机相分离鉴定靶标RNA-蛋白，该方法确定了ADIPINT与丙酮酸羧化酶结合并用电子显微镜验证了这种相互作用。ADIPINT敲低会改变相互作用组，并降低了线粒体中丙酮酸羧化酶的丰度和酶活性。ADIPINT或丙酮酸羧化酶表达降低会降低脂肪细胞脂质合成、分解和脂质含量。在人类白色脂肪组织中，肥胖患者的ADIPINT表达增加，并与脂肪细胞大小、脂肪胰岛素抵抗和丙酮酸羧化酶活性有关。因此，本研究将ADIPINT确定为人类白色脂肪细胞中脂质代谢的调节因子，至少部分是通过其与丙酮酸羧化酶的相互作用介导的。
Fig4. ADIPINT-PC相互作用对脂肪细胞代谢影响的工作模型
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35618718/
A brain-enriched lncRNA shields cancer cells from immune-mediated killing for metastatic colonization in the brain
一个大脑富集的lncRNA保护癌细胞免受免疫介导的杀伤，从而在大脑中转移定植
发表期刊：PNAS
影响因子：11.205
发表时间：2022年5月31日
目前治疗选择有限的脑转移是晚期癌症患者的常见并发症，而乳腺癌脑转移（B2BM）是主要类型之一。本研究报道了脑转移致癌长链非编码RNA（BMOR）是B2BM发展的一个关键的脑富集长链非编码RNA。研究证明了BMOR允许B2BM细胞通过逃避大脑微环境中免疫介导的杀伤来定植在脑组织中。在分子水平上，BMOR结合并灭活B2BM细胞中的IRF3。最后，BMOR silencer可以有效抑制体内脑转移的发展。因此，本研究结果揭示了癌细胞在脑微环境中逃避免疫介导的杀伤以进行脑转移发展的一种方式，并针对B2BM建立了具有潜在靶向策略的治疗靶点。
Fig5. 可药化BMOR介导的作用机制示意图
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35617432/
